黒柳は、mRNAプロセシングの制御機構を生体内で解析するために、複数の蛍光タンパク質を用いてミニ遺伝子を構築し、選択的プロセシングのパターンを１細胞レベルで可視化する蛍光レポーター作製法を開発しました（Nat Meth, 2006; Nat Protoc, 2010）。

そして、線虫Caenorhabditis elegansをモデル生物として、遺伝学的解析、生化学的解析、生物情報学的解析、構造生物学的解析などを組み合わせて、複数の制御因子が協働して転写後プロセシングを制御する分子機構や、その生物学的意義を、個体レベルで明らかにしてきました（Mol Cell Biol, 2007; Genes Dev, 2008; PLoS Genet, 2012, 2013; Nucleic Acids Res, 2013, 2016; Worm, 2013, 2014; Nat Struct Mol Biol, 2014; Nat Commun, 2016; WIREs RNA, 2017; Mol Biol Cell, 2018; Cytoskeleton, 2018; Genetics, 2020）。